Co do zasady, fluorek wapnia nie jest szkodliwy, jednak może powodować niepożądane objawy układu oddechowego czy pokarmowego, jeśli jest niewłaściwie stosowany. Przykładowo, wdychanie pyłów fluorku wapnia w warunkach laboratoryjnych może doprowadzić do poparzeń organów wewnętrznych, a w skrajnych przypadkach nawet do obrzęku płuc. Spożycie kryształu fluorku wapnia w dużych ilościach może natomiast spowodować zatrucie, objawiające się pod postacią bólu brzucha, biegunki czy mrowienia kończyn. Stosowanie tego związku w nadmiarze może doprowadzić do jego kumulowania się w kościach, co powoduje ich większą łamliwość oraz podnosi ryzyko wystąpienia osteoporozy w podeszłym wieku. Należy unikać kontaktu fluorku wapnia w czystej formie ze śluzówką oka, ponieważ wywołuje to poparzenia i zaczerwienienie.